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Cislago si trova, sulla Varesina sulla strada she da Milano porta a Varese, poco distante da Saronno.

Il 3 febbraio 1933, l’ispettrice Alda Levi scriveva una relazione a proposito del ritrovamento di rottami di antiche urne funerarie in terracotta appartenenti al primo periodo della civiltà di Golasecca.
La scoperta avveniva a Cislago, in occasione degli scavi in una fabbrica di mattoni, ed era la prima notizia storica inerente a questo paese, Cislago, anche se purtroppo, per diversi motivi, i resti non furono inviati al Museo di Varese o ad altri musei specializzati, come veniva ancora lamentato in una lettera al sindaco di Cislago il 21 novembre 1950, appunto inviata dal Museo di Varese.

Il primo documento in cui indiscutibilmente appare un riferimento a Cislago è comunque del 1054, e si tratta di una donazione di beni in Dricio (Drezzo) e in Cistellaco (Cislago) al monastero di sant’Ambrogio confessore, situato nei pressi di Milano, da parte di un certo Ottone figlio di Ariberto, affinchè i monaci di Sant’Ambrogio preghino per la sua anima.

Cislago apparterrà quindi al contado del Seprio e sarà parte della pieve di Olgiate Olona: si ha notizia della presenza di un sacerdote a Cislago attraverso il testamento di un presbitero, Martino de Cistellago, nell’anno 1280.

Dopo il periodo spagnolo, Cislago entra nell’ambito del ducato di Milano, conoscendo tutte le vicissitudini dei paesi e degli abitanti di questo territorio: nel XVI secolo, conta la presenza di circa ottanta famiglie, per un totale di circa seicento persone.
Il Castello è forse il più significativo dei monumenti di Cislago, di stile barocco, ricostruito nel 1620 per iniziativa di Cesare Visconti.
All’interno, una pinacoteca conserva ancora dipinti secenteschi e settecenteschi, fra i quali si trovano molti ritratti di mèmbri della famiglia Visconti.

Cislago arriva così all’unità italiana attraverso diverse vicissitudini, fra cui l’invasione francese della fine del Settecento e la successiva occupazione, che costano al paese danni soprattutto al patrimonio artistico, saccheggiato dall’esercito napoleonico: in particolare verranno rubati i beni della chiesa di Santa Maria Sedate e quelli dell’oratorio della chiesa di Santa Caterina, che andrà anche distrutta.

Nel secolo XIX, la zona in cui sorge Cislago patirà anche la grave epidemia di colera del 1836.

L’economia del comune rimane ancora prevalentemente legata all’agricoltura.
Cominciano i primi sintomi del fenomeno migratorio, soprattutto verso Germania, Francia e le americhe.
Appartenuta durante il periodo del Seprio alla pieve di Olgiate Olona, una delle più antiche della diocesi milanese, Cislago ha una chiesa parrocchiale dedicata a Sanata Maria Assunta e ai santi apostoli Pietro e Paolo.

L’edifìcio sacro fu costruito nel 1607, su una preesistente costruzione romanica, come spiega una relazione del 1618 in seguito alla visita pastorale del vicario foraneo, con l’elemosina e la sovvenzione di tutto il popolo, ma non si riuscì a provvedere a tutte le necessità della costruzione anche per le difficoltà dovute alla frequente presenza di eserciti stranieri nella zona, si era nel tempo delle guerre tra la Francia e l’Impero, che aveva un epicentro proprio nel milanese, che evidentemente non favorivano la quiete sociale.
Un’altra chiesa, situata nel centro del paese, poco distante dalla parrocchiale, è quella dedicata alla Beata Vergine Maria Annunciata, chiesa di rilevante importanza; un oratorio tardo gotico edificato verso la fine del 1300.
Un’altra chiesa distante da Cislago meno di un chilometro è Santa Maria in campagna, certamente già esitente alla fine del XV secolo, come attesta un documento che fa stato dell’esistenza di una scuola attigua alla chiesa.
Ma non si può escludere che la chiesa esistesse già nel medioevo e sia sorta al di fuori dell’abitato secondo l’antica usanza di accogliere i forestieri in un luogo appartato e fuori dal perimetro abitato.
Nei confronti della chiesa esiste una lunga tradizione devozionale, confermata dall’esistenza di numerosi ex voto conservati nell’abitazione del custode che vive nella frazione.
Da non dimenticare inoltre le chiese di San Giulio alla Massina, una frazione di Cislago, quella di Santa Caterina, appartenuta all’ordine religioso degli Umiliati e la chiesa di Nostra Signora del Sacro Cuore, fatta edificare nell’anno 1900 dal conte Castelbarco e dalla popolazione presso la Cassina Visconta.

Lambito da tré torrenti, il Fontanile, il Gardaluso e il Bozzente, Cislago si trova in un territorio ricco da un punto di vista idrico, ma non particolarmente fertile e non adatto a essere coltivato.
Scarsa la produzione agricola, assente quella industriale, se si eccettua la presenza di una centrale dell’ENEL che fornisce energia elettrica a molti paesi dell’Alto Milanese, Cislago deve la sua attività economica sostanzialmente a piccole iniziative commerciali e artigiane.