Germignaga sorge a 210 m di altitudine, sulla foce del fiume Tresa, emissario del Lago di Lugano ed immissario del Lago Maggiore. Il fiume segna il confine tra il comune di Germignaga e quello di Luino.
Percorsi nella Valtravaglia:Brezzo di Bedero, Brissago Valtravaglia, Castelveccana, Germignaga, Grantola, Mesenzana, Montegrino Valtravaglia, Porto Valtravaglia
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